確かに、指定添加物は使用目的や使用量の基準が定められているものが多いのは事実である。しかし、指定及び使用規準の制定にあたっては様々な試験を行ってその安全性を確認しており、使用規準を遵守している限り危険性は無いといってもよい。それに対し既存添加物は、今まで習慣的に使われてきたもので事故が報告されていないいわゆる食経験が豊富であるというだけで収録されており、安全性についての科学的な裏づけはされていない。現在、厚生労働省は既存添加物についても順次、食品安全委員会において食品健康影響評価を行っている。その結果、既存添加物の一つであるアカネ色素は遺伝毒性及び腎臓への発がん性が認められたため、2004年平成16年7月5日に名簿から消除された。食品添加物には製造用剤等も含まれるため、既存添加物の中にも食品とは無縁と思われるようなものや品名からは物質が想像できないようなものも存在する。